cp='rsync -auv'
$cp data_tables Contents/Resources
$cp libRNAstructure_GUI.dylib Contents/MacOS
$cp RNAstructure.jar Contents/Java

Directory structure from oracle appbundler https://java.net/projects/appbundler/
Contents
  ├─Java
  │  └─RNAstructure.jar
  ├─MacOS
  │  ├─JavaAppLauncher
  │  └─libRNAstructure_GUI.dylib
  ├─PlugIns
  │  └─<jdk1.x.x_x.jdk>
  │      └─Contents
  │         ├─Info.plist
  │         └─Home
  │            └─jre
  │               ├─lib
  │               │  └─...
  │               └─README (etc)
  ├─Resources
  │    ├─data_tables
  │    ├─en.lproj
  │    │   └─Localizable.strings
  │    └─Icon.icns
  ├─Info.plist
  └─PkgInfo