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• MapFragmenttoNuc() : design
• MapNuctoFragment() : design
• marktree() : design
• MaximizeExpectedAccuracy() : RNA
• Multifind_object() : Multifind_object
• Multifind_Predict() : Multifind_object
• Multilign_object() : Multilign_object
• MultiTempMultilign() : Multilign_object
• Mutation() : design