Data table for symetric interior loops of size 2

Free energies at 37 degrees for DNA

Data Arrangement:

 

            Y

    ------------------

(X)  A    C    G    T 

    ------------------

        5' --> 3'

            X

           A A

           U U

            Y

        3' <-- 5'

(A)  .    .    .    .  

(C)  .    .    .    .  

(G)  .    .    .    .  

(U)  .    .    .    .  

 

 

 

          Y                   Y                   Y                   Y                   Y                   Y

  ------------------  ------------------  ------------------  ------------------  ------------------  ------------------

   A    C    G    T    A    C    G    T    A    C    G    T    A    C    G    T    A    C    G    T    A    C    G    T 

  ------------------  ------------------  ------------------  ------------------  ------------------  ------------------

      5' --> 3'           5' --> 3'           5' --> 3'           5' --> 3'           5' --> 3'           5' --> 3'

          X                   X                   X                   X                   X                   X

         A A                 A C                 A G                 A T                 A G                 A T       

         T T                 T G                 T C                 T A                 T T                 T G       

          Y                   Y                   Y                   Y                   Y                   Y

      3' <-- 5'           3' <-- 5'           3' <-- 5'           3' <-- 5'           3' <-- 5'           3' <-- 5'

  1.7  1.7  1.7  1.7  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7   

  1.7  1.7  1.7  1.7  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7   

  1.7  1.7 -0.4  1.7  1.1  1.1 -1.0  1.1  1.1  1.1 -1.0  1.1  1.7  1.7 -0.4  1.7  1.7  1.7 -0.4  1.7  1.7  1.7 -0.4  1.7 

  1.7  1.7  1.7  1.5  1.1  1.1  1.1  1.0  1.1  1.1  1.1  1.1  1.7  1.7  1.7  1.2  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7 

 

          Y                   Y                   Y                   Y                   Y                   Y

  ------------------  ------------------  ------------------  ------------------  ------------------  ------------------

   A    C    G    T    A    C    G    T    A    C    G    T    A    C    G    T    A    C    G    T    A    C    G    T 

  ------------------  ------------------  ------------------  ------------------  ------------------  ------------------

      5' --> 3'           5' --> 3'           5' --> 3'           5' --> 3'           5' --> 3'           5' --> 3'

          X                   X                   X                   X                   X                   X

         C A                 C C                 C G                 C T                 C G                 C T       

         G T                 G G                 G C                 G A                 G T                 G G       

          Y                   Y                   Y                   Y                   Y                   Y

      3' <-- 5'           3' <-- 5'           3' <-- 5'           3' <-- 5'           3' <-- 5'           3' <-- 5'

  1.1  1.1  1.1  1.1  0.4 -0.4  0.4  0.4  1.1  0.4  0.4  0.4  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1 

  1.1  1.1  1.1  1.1  0.3  0.5  0.4  0.5  0.4  0.4  0.4  0.4  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1 

  1.1  1.1 -1.0  1.1 -0.1  0.4 -1.7  0.4  0.4  0.4 -1.4  0.4  1.1  1.1 -1.0  1.1  1.1  1.1 -1.0  1.1  1.1  1.1 -1.0  1.1 

  1.1  1.1  1.1  1.1  0.4  0.0  0.4 -0.3  0.4  0.4  0.4  0.4  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1 

 

 

          Y                   Y                   Y                   Y                   Y                   Y

  ------------------  ------------------  ------------------  ------------------  ------------------  ------------------

   A    C    G    T    A    C    G    T    A    C    G    T    A    C    G    T    A    C    G    T    A    C    G    T 

  ------------------  ------------------  ------------------  ------------------  ------------------  ------------------

      5' --> 3'           5' --> 3'           5' --> 3'           5' --> 3'           5' --> 3'           5' --> 3'

          X                   X                   X                   X                   X                   X

         G A                 G C                 G G                 G T                 G G                 G T        

         C T                 C G                 C C                 C A                 C T                 C G       

          Y                   Y                   Y                   Y                   Y                   Y

      3' <-- 5'           3' <-- 5'           3' <-- 5'           3' <-- 5'           3' <-- 5'           3' <-- 5'

  1.1  1.1  1.1  1.1  0.8  0.4  0.4  0.4  0.4  0.3 -0.1  0.4  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1 

  1.1  1.1  1.1  1.1  0.4  0.4  0.4  0.4 -0.4  0.5  0.4  0.0  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1 

  1.1  1.1 -1.0  1.1  0.4  0.4 -2.1  0.4  0.4  0.4 -1.7  0.4  1.1  1.1 -1.0  1.1  1.1  1.1 -1.0  1.1  1.1  1.1 -1.0  1.1 

  1.1  1.1  1.1  1.1  0.4  0.4  0.4 -0.7  0.4  0.5  0.4 -0.3  1.1  1.1  1.1  1.0  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1 

 

          Y                   Y                   Y                   Y                   Y                   Y

  ------------------  ------------------  ------------------  ------------------  ------------------  ------------------

   A    C    G    T    A    C    G    T    A    C    G    T    A    C    G    T    A    C    G    T    A    C    G    T 

  ------------------  ------------------  ------------------  ------------------  ------------------  ------------------

      5' --> 3'           5' --> 3'           5' --> 3'           5' --> 3'           5' --> 3'           5' --> 3'

          X                   X                   X                   X                   X                   X

         T A                 T C                 T G                 T T                 T G                 T T       

         A T                 A G                 A C                 A A                 A T                 A G       

          Y                   Y                   Y                   Y                   Y                   Y

      3' <-- 5'           3' <-- 5'           3' <-- 5'           3' <-- 5'           3' <-- 5'           3' <-- 5'

  1.7  1.7  1.7  1.7  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7   

  1.7  1.7  1.7  1.7  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7   

  1.7  1.7 -0.4  1.7  1.1  1.1 -1.0  1.1  1.1  1.1 -1.0  1.1  1.7  1.7 -0.4  1.7  1.7  1.7 -0.4  1.7  1.7  1.7 -0.4  1.7 

  1.7  1.7  1.7  1.8  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.7  1.7  1.7  1.5  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7 

 

          Y                   Y                   Y                   Y                   Y                   Y

  ------------------  ------------------  ------------------  ------------------  ------------------  ------------------

   A    C    G    U    A    C    G    U    A    C    G    U    A    C    G    U    A    C    G    U    A    C    G    U 

  ------------------  ------------------  ------------------  ------------------  ------------------  ------------------

      5' --> 3'           5' --> 3'           5' --> 3'           5' --> 3'           5' --> 3'           5' --> 3'

          X                   X                   X                   X                   X                   X

         G A                 G C                 G G                 G U                 G G                 G U       

         U U                 U G                 U C                 U A                 U U                 U G       

          Y                   Y                   Y                   Y                   Y                   Y

      3' <-- 5'           3' <-- 5'           3' <-- 5'           3' <-- 5'           3' <-- 5'           3' <-- 5'

  1.7  1.7  1.7  1.7  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7 

  1.7  1.7  1.7  1.7  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7 

  1.7  1.7 -0.4  1.7  1.1  1.1 -1.0  1.1  1.1  1.1 -1.0  1.1  1.7  1.7 -0.4  1.7  1.7  1.7 -0.4  1.7  1.7  1.7 -0.4  1.7 

  1.7  1.7  1.7  1.7  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7 

 

          Y                   Y                   Y                   Y                   Y                   Y

  ------------------  ------------------  ------------------  ------------------  ------------------  ------------------

   A    C    G    U    A    C    G    U    A    C    G    U    A    C    G    U    A    C    G    U    A    C    G    U 

  ------------------  ------------------  ------------------  ------------------  ------------------  ------------------

      5' --> 3'           5' --> 3'           5' --> 3'           5' --> 3'           5' --> 3'           5' --> 3'

          X                   X                   X                   X                   X                   X

         U A                 U C                 U G                 U U                 U G                 U U       

         G U                 G G                 G C                 G A                 G U                 G G       

          Y                   Y                   Y                   Y                   Y                   Y

      3' <-- 5'           3' <-- 5'           3' <-- 5'           3' <-- 5'           3' <-- 5'           3' <-- 5'

  1.7  1.7  1.7  1.7  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7 

  1.7  1.7  1.7  1.7  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7 

  1.7  1.7 -0.4  1.7  1.1  1.1 -1.0  1.1  1.1  1.1 -1.0  1.1  1.7  1.7 -0.4  1.7  1.7  1.7 -0.4  1.7  1.7  1.7 -0.4  1.7 

  1.7  1.7  1.7  1.7  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.1  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7  1.7